При въезде в подмосковную Коломну всех путников встречает Иоанно-Богословский храм и его 67-метровая колокольня, которая величественно возвышается над зданиями торговых рядов.
Церковь, давшая название проездной Ивановской башне Коломенского кремля, уже существовала не позднее второй половины XV столетия внутри крепости. В современном храме сохранился надвратный белокаменный барельеф XVI века с тех самых ворот — «Богоматерь с Младенцем Христом и предстоящим апостолом Иоанном Богословом».
В 1577 — 1578 гг. в писцовых книгах упомянут деревянный храм с иконами в полный рост деисусного ряда иконостаса. После пожара, в 1733 году, начали строить новую, каменную Иоанно-Богословскую церковь с приделом в честь святого мученика Иоанна Воина, но уже вне крепости — на Житной площади города. В 1739 году в Коломне снова случился пожар, и жертвователи пришли в разорение, поэтому до 1752 года храм был выложен от фундамента на три с четвертью аршина. В марте 1752 года по просьбе священника Сергия Петрова было дано дозволение на выдачу сборной книги для построения храма, строительство которого было завершено в 1756 году.
Перестройка ансамбля церкви началась в XIX веке, ради увековечивания побед России в Отечественной войне 1812 — 1814 гг. В 1819 году старая колокольня, грозившая падением, была разобрана. В 1826 — 1846 гг. стараниями коломенского купца И.И. Шапошникова возведена новая, ныне существующая звонница (на ней было семь колоколов, самый большой весом 347 пудов), и заново переложен алтарь.
В 1835 году в главном храме установлен новый иконостас (его золочение выполнено на средства коломенского мещанина Ф. Г. Дремязгина), а в 1848 году устроены иконостасы в приделах святого мученика Иоанна Воина и иконы Пресвятой Богородицы «Всех скорбящих Радость». Примечательно, что в 1909 году иконостасы за ветхостью хотели заменить, но Московское археологическое общество не дало согласия ввиду их «красоты и художественного интереса».
28 августа 1848 года храм после возобновления освятил свт. Филарет Московский (Дроздов). В 1852 году звонница была соединена с трапезной храма. К 1865 году по проекту И. А. Дагаева вокруг церкви возвели четыре корпуса лавок в стиле каре, перестроенных в 60-х гг. XX века. Храмовый комплекс и церковная школа содержались на арендную плату торговцев. В церковной библиотеке размещалось более 200 книг — внушительная цифра по тем временам.
Из Иоанно-Богословского храма происходит образ святителя Николая, архиепископа Мир Ликийских — «Никола с житием», созданный в XIV веке и ныне хранимый в Государственной Третьяковской галерее (напечатанная копия находится в храме).
В 1929 году Иоанно-Богословский храм был закрыт, а церковная утварь и иконы были утрачены. Житную площадь, на которой находилась церковь, переименовали в площадь Двух революций. В советское время в религиозном здании размещался склад магазина, отдел главного архитектора, торговый техникум. В 1981 году реставраторами С.П. Орловским и К.В. Ломакиным в ходе работ в трапезной части храма был неожиданно обнаружен белокаменный образ XVI века «Богоматерь с Младенцем Христом и предстоящим Иоанном Богословом», считавшийся утраченным. Икона была жестоко разрушена и замурована в стену.
В апреле 1997 года, в престольный праздник, была совершена первая более чем за 70 лет Божественная литургия. Храм преобразился: над четвериком заменили кровлю, церковь украсилась новой главкой и золотым крестом.
Весной 2004 года на самую высокую звонницу Коломны были подняты первые колокола, и за многие десятилетия тишины над городской площадью вновь зазвучал звон.
В мае 2005 года здание было целиком передано приходу.
В марте 2006 года, Великим постом, по указу митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, настоятеля храма священника Игоря Тарасова сменил священник Кирилл Седов. Под его руководством силами прихода началась расчистка старинного трапезного храма, были снесены внутренние перегородки бывших классов техникума. Увеличил свою площадь самый большой и знаменитый в городе церковный магазин «Святой апостол Иоанн Богослов» с богатым ассортиментом книжной литературы и церковной утвари. Чуть позже начал действовать интернет-магазин.
В августе 2009 года установлены куранты с боем на колокольню.
Был проведен внушительный объем ремонтно-реставрационных работ, но многое еще предстоит сделать.
Храм ведет активную просветительскую и социальную деятельность. При храме действует замечательная воскресная школа, в которую ходят дети от четырех до восемнадцати лет, проводятся занятия с родителями, собирается молодежный клуб. Уже четвертый год при Иоанно-Богословском храме осуществляет деятельность отделение Епархиальных Библейско-Богословских курсов имени прп. Сергия Радонежского и Библейский лекторий, на которых изучаются основы Православного богослужения, вероучения, разбирается Евангелие и можно получить ответ на любые вопросы, касающиеся духовной жизни. Настоятель храма проводит занятия с учащимися Коломенского медицинского колледжа, школ города Коломны и других учебных заведений.
Уже много лет при храме несет свое служение благотворительная столовая, в которой каждый желающий ежедневно может получить горячий обед. Приходская община оказывает поддержку многодетным семьям, беженцам и людям, попавшим в трудную жизненную ситуацию.
С марта 2010 года при храме действует добровольческое движение «Друзья милосердия». Волонтёры занимаются оказанием помощи нуждающимся детским и взрослым социальным и медицинским учреждениям: дому ребёнка, детскому туберкулёзному санаторию, детской больнице, роддому, дому ветерана, районной больнице.
В июне 2014 года, по указу митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, настоятелем храма назначен священник Димитрий Шаповалов.
В феврале 2020 года настоятелем был назначен иеромонах Иоанн (Железов)” и далее “В октябре 2021 года настоятелем был назначен священник Димитрий Варламов